Gymnázium Vodňany svou existencí navazuje na dlouholetou tradici vodňanského všeobecného středoškolského vzdělávání, která sahá hluboko do 30. let 20. století. První dochované maturitní tablo je již z roku 1939. Historie Gymnázia ve Vodňanech se datuje od roku 1952.
V tomto roce byla zřízena při základní škole v dnešní Alešově ulici první třída budoucí Jedenáctileté střední školy, do jejíhož čela byl jmenován ředitel Tomáš Jebavý. Sídlem nově vzniklé „jedenáctiletky“ se stala budova dnešní ZŠ Alešova. Historicky první maturitní zkoušky skládali studenti Jedenáctileté střední školy v červnu 1957. V rámci státního programu centralizace středních škol do okresních měst byla jedenáctiletka zrušena o deset let později, v roce 1967.
Novodobá historie Gymnázia Vodňany se začíná odvíjet počátkem 90. let 20. století, kdy se radní města rozhodli obnovit tradici všeobecného středního vzdělání ve Vodňanech. Na základě zřizovací listiny z 23. 3. 1992 tak od 1. září 1992 začíná fungovat v areálu ZŠ Bavorovská Základní škola a osmileté Gymnázium Vodňany. Prvním společným ředitelem se stal Mgr. Eduard Kubelka. Další přelomové období je započato oddělením Gymnázia od Základní školy v roce 1994.
Do čela tentokrát již samostatného osmiletého Gymnázia Vodňany byl na základě výsledků konkurzního řízení vybrán PhDr. Zdeněk Pouch. Gymnázium s osmiletým vzdělávacím cyklem poskytuje úplné střední vzdělání zakončené maturitou a připravuje studenty především na studium na vysoké škole. Kromě standardních školních aktivit Gymnázium svým studentům umožňuje zúčastnit se i velkého množství mimoškolních akcí. Jsou pořádány poznávací zájezdy a exkurze do Velké Británie, Francie či Itálie, pravidelně se organizují výměnné pobyty s partnerským městem Aarwangen ve Švýcarsku. Studenti Gymnázia zaznamenávají výrazné úspěchy v debatní lize a na škole se objevují také první zahraniční studenti z USA, Norska a později i z Hongkogu. V roce 1995 je na Gymnáziu Vodňany obnovena tradice studentských slavností, Majálesů. Po čtyřech letech Z. Poucha na postu ředitele střídá Mgr. Věra Scherlingová. Ta víceméně pokračuje ve vedení školy dle koncepce tak, jak jí načrtl její předchůdce.
Dne 1. 2. 2004 se stal novým ředitelem Gymnázia Vodňany PhDr. Martin Schacherl, Ph.D. V současné době škola reflektuje moderní trendy ve výchovně vzdělávacím procesu. Výuka se zaměřuje především na vzdělávání ve vyučovacích předmětech český jazyk, v oblasti cizích jazyků a digitální gramotnosti. Tomu odpovídá i materiální zabezpečení školy. Studenti využívají v rámci vyučování i po jeho skončení Centrum informačně-komunikačních technologií, kde jsou mimo jiné moderní počítače připojené na internet či interaktivní dotyková tabule (tzv. Smartboard). Samozřejmostí jsou kvalitně vybavené jazykové učebny. Díky navázání partnerství s bavorským Gymnasiem Zwiesel, Ekonomskou školou ve slovinské Ptuji a Ferenc Kazinczy iskola v maďarské Nyíregyhaze mají studenti možnost nejen procvičit si praktickou komunikaci v cizím jazyce, ale i poznat kulturní zvyklosti našich evropských sousedů. Škola je také v posledních letech úspěšná v získávání projektů a grantů z různých podpůrných fondů EU. Jako příklad lze jmenovat např. program celoživotního vzdělávání Comenius.
Gymnázium v současné době plní nejen výchovně vzdělávací cíle, ale zároveň funguje jako jedno z hlavních kulturních center Vodňan. S velkým ohlasem na naší škole pravidelně organizujeme debaty a setkání s významnými osobnostmi českého kulturního i politického života, jako jsou nebo byly zpěvačka Marta Kubišová, spisovatel Arnošt Lustig, herec Ondřej Vetchý či katolický duchovní a teolog, kardinál Miloslav Vlk. Běžný školní rok je kromě klasické výuky a sportovních akcí vyplněn také událostmi, kterými se škola otevírá městu a jeho občanům.
Před třemi lety jsme začali pořádat Slavnosti Gymnázia, na jejichž programu se podílejí jak studenti, tak pedagogický sbor školy. Letošní školní rok jsme zpříjemnily Vodňanským vánoční svátky koncertem v kostele Narození Panny Marie. A v dubnu 2012 si studenti Gymnázia pod režijním vedením P. Dudákové nastudovali pro vodňanskou veřejnost divadelní hru Jak je důležité míti Filipa.
V kalendářním roce 2012 škola oslavila 20. výročí svého (znovu)založení celoročními oslavami.
Mgr. Radek Hrdlička